南京的大学排名第一的是南京大学，排名第二的是东南大学，排名第三的是南京理工大学，以下是具体排名情况，供大家参考。

一、南京的大学排名

二、南京大学

南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，位列世界一流大学建设高校（A类）、”211工程“、”985工程”，是九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟成员，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、新工科研究与实践项目、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地、国家级双创示范基地。

南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。1952年院系调整，南京大学调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。

三、东南大学

东南大学（Southeast University）简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、211工程、985工程重点建设高校，入选2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、新工科研究与实践项目、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地、学位授权自主审核单位，卓越大学联盟、中俄工科大学联盟、中欧工程教育平台、长三角高校合作联盟成员，教育部与江苏省、国家国防科技工业局共建。

东南大学前身是创建于1902年的三江师范学堂。1921年以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科，其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期；1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立南京工学院；1988年5月，学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。